关于举办2023结构生物学专题培训班的通知

各有关单位：

结构生物学作为生命科学领域中最为前沿的主流学科之一，是人类在最高分辨率尺度上对于生命系统认知最为直观、最为基本的学科。结构生物学研究可以提供生物大分子在原子分辨率水平的原子坐标、相互作用的细节信息以及生物大分子在行使其功能时的动态变化，这些结构信息与功能研究相结合，不仅能促进人们对生物大分子的生物功能和分子机理的认识，阐述重要的生物学问题，同时也能探索与生物大分子功能失调相关疾病的发病机理。结构相关工作共获诺贝尔奖25项，占诺贝尔奖自然科学部分的8%。在医药研发中，结构生物学也被广泛用于基于结构的新药设计。

目前蛋白质三维结构的测定主要有三大手段：X射线晶体学、核磁共振技术（NMR）以及冷冻电镜三维重构技术。核磁共振主要针对溶液中的、分子量很小（约20kDa）的样品类型，最近几年已使用不多。近年来，也出现了一些新技术，微晶电子衍射（MicroED）是一种利用冷冻电镜解析微小晶体结构的技术，由于电子束与物质的作用远强于X射线，可以解析X射线晶体学难以处理的纳米晶体结构。

蛋白质结构解析的实验过程极为复杂，涉及到多项实验操作，实验的设计中也需应用到大量结构生物学的知识，针对不同的蛋白制定不同的实验方案。为此，我单位联合苏州青云瑞晶生物科技有限公司将于2023年12月14日-16日在苏州举办结构生物学主题培训，从结构生物学的现状及方法等方面全面讲授相关理论知识、基本原理，更注重具体的实验操作流程。本次培训是为广大科研工作者提供的一个系统全面地学习蛋白质结构解析的良好机会，诚邀您的参加！

一、会议安排

会议地点：苏州市（具体地址通知给已报名人员）

会议时间：2023年12月14日-16日（14日全天报到）

参观时间：12月15日下午 4:00-5:00 参观青云瑞晶公司，领取精美伴手礼。

二、会议主要研讨内容及主讲老师

（一）蛋白质结晶前准备 （普通蛋白和膜蛋白）

课程介绍和蛋白质结构功能基本介绍

提纯蛋白质,确定浓度、pH值、缓冲液等条件,控制蛋白质稳定性等。

1、目的蛋白质信息检索与调查

2、质粒制备

3、蛋白质纯化

4、蛋白质不表达和包涵体问题

5、蛋白质活性鉴定

6、蛋白质结晶前分析

（二）蛋白质结晶与衍射数据收集 

利用协同结晶筛选获得蛋白质结晶,在同步辐射光源下收集衍射数据。

1、蛋白质结晶

2、SSRF（同步辐射光源） 的介绍

3、蛋白质晶体衍射数据收集

（三）蛋白质结构解析

1、晶体结构学知识

2、蛋白质晶体结构解析流程

3、Index和integrate

4、Scale

5、使用XSCALE功能进行scale

6、使用HKL2000进行index、integrate和scale

7、分子置换

8、蛋白质晶体结构构建

9、蛋白质晶体结构优化

10、蛋白质晶体结构验证

11、蛋白质晶体结构提交到PDB

（四）结构解析软件安装、使用及展示 

1、Linux系统安装

2、蛋白质晶体结构解析软件安装。

3、pdb格式文件简介

4、PyMOL制作蛋白质晶体结构图

5、使用PyMOL制作蛋白质配体结合位点信息

6、使用PyMOL调查蛋白质的温度因子B-factors

7、使用PyMOL重叠对比不同的蛋白质晶体结构

8、使用PyMOL显示蛋白质晶体结构中配体的电子密度图

9、使用PyMOL结合Chimera实现同步显示非对称单元的蛋白质分子

（五）冷冻电镜

1、电子显微镜的基本概念

2、冷冻电子显微镜（Cryo-EM）的工作流程和细节

3、标本制备：负染和冷冻制样

4、电子显微镜的操作和图像采集方法

5、图像分析与三维重建的基本原理

6、使用cryoSPARC进行图像处理

7、断层图平均的工作流程

（六）MicroED

1、MicroED的基本概念

2、MicroED的工作流程及细节

3、FIB冷冻离子束切割

4、MicroED数据采集和结构解析

（七）应用案例   

1、蛋白结构在药物发现中的应用

2、蛋白结构在科研中的应用             

授课专家：

翟宇佳，中国科学院生物物理研究所、生物大分子重点实验室、孙飞研究组副研究员。长期从事超大分子复合物、膜蛋白的表达纯化和结构生物学研究。

张书萌，中国科学院生物物理研究所 高级工程师，清华大学生物物理学专业博士，长期从事蛋白质结构生物学工作，在蛋白质纯化以及分析鉴定方面积累了丰富的经验。

陈荣昌，博士，苏州青云瑞晶生物科技有限公司，结构生物学负责人。毕业于中国科学院生物物理研究所结构生物学专业，师从叶克穷教授从事RNA蛋白质复合物的结构生物学研究。从2009年开始蛋白质RNA复合物的结构生物学研究，有10年以上的蛋白质表达纯化及结构解析经验。在Elife、Nature Communication、Angewandte、Nucleic Acids Research等杂志发表多篇文章。在北京大学深圳研究生院、北京 生命科学研究所和北京大学化学与分子工程学院均进行过研究工作。在北京大学化学与分子工程学院博士后工作期间，解析了重要疾病靶点和小分子的结构，积累了丰富经验。

傅蓝德，毕业于美国东北大学。曾就职于默克集团，上海维亚生物公司。现于青云瑞晶负责x-ray晶体学结构解析工作，有丰富的蛋白质结构解析经验。

王伟伟，冷冻电镜高级研究员，毕业于华侨大学，在中科院生物物理所常文瑞院士课题组从事结构生生物学相关领域研究工作；后又在FEI,厦门大学,清华大学及生物物理所进行冷冻电镜相关内容的学习研究。有丰富的冷冻电镜相关经验。

李新美。2021年博士毕业于中国科学院生物物理研究所，并于同年加入苏州青云瑞晶生物科技有限公司，任公司MicroED科学家一职。于2018年发表了国际上第一篇FIB与MicroED相结合的方法学文章，其他领域的相关结果发表在国际顶尖期刊《Science》、《cell research》、《mBio》上。2021年由苏州国际精英创业周引进的创新人才，2022年度常熟市创新创业领军人才（创新），2022年度苏州姑苏重产紧缺人才，2023年江苏省科技计划专项资金（基础研究计划自然科学基金）。发明专利1项，实用新型专利3项。

丁玮 中国科学院物理研究所软物质物理重点实验室副主任工程师。主要研究方向：生物大分子结构解析的方法学研究，其中，曾负责研发新型分子置换法程序PVMR、实验相位法结构解析流水线X2DF以及基于直接法的结构解析软件IPCAS2.0。其中，PVMR程序是国内至今为止仅有的具有核心算法的分子置换法程序；X2DF是国内第一条针对X射线单波长反常散射数据的结构解析流水线；而IPCAS2.0是国内唯一得到国际承认并获得Collaborative Computational Project No.4(CCP4)邀请讲座的基于直接法的结构解析软件包。此外，还曾负责开发“高端冷冻电镜的数据收集、转移、处理和检测新方法”，相关程序已经被中国科学院生物物理研究所生物成像中心、上海科技大学电镜中心、南方科技大学冷冻电镜中心等多家国内知名电镜平台安装使用。目前，以工程师身份协助合作实验室发表文章超过40篇，获得署名或致谢的文章的影响因子总和会超过300。

孙乐 京天成 北京市千人、北京师范大学兼职教授，中国生物技术创新服务联盟执委，SCI杂志CytoTechnology副主编。1989年毕业于清华大学生物科学与技术系，获博士学位，之后在美国奥瑞岗州立大学完成博士后研究。曾在世界最大的生物试剂公司Upstate/Merck历任生产经理和科研总监，2000年在美国创办A&G药业，其所创造的28天制备小鼠单抗的纪录至今无人能破。2004年归国创办了回而生医药科技，为Antibody Drug Conjugate领域的先驱者。2006年创建京天成，已成为世界上最强的抗体研制服务商之一，承担十多项国家和北京市重大项目及一般项目，建立起国内外最大的突发和重大传染病抗体库，在我国突发传染病应急平台建设中起到了极其重要的作用。2012年创办天成新脉，建立起专利保护的抗体药去ADCC和去免疫原性两大技术平台，正在开发去免疫原性阿达木、去免疫原性/去ADCC阿塔朱、去ADCC帕姆珠、去免疫原性英夫利昔等10余种创新抗体药，在Nature Medicine, Nature Genet. 、Immunity等著名期刊发表论文40余篇，申请发明专利20余项，并获得美国专利3项和中国发明专利6项。

三、会议费用

会务费：2500元/人，4000元/2人（会务费包括：培训、答疑、资料、茶歇、培训期间中餐、培训证书等）； 住宿可统一安排，费用自理。

四、联系方式               

联系人: 马超  

电  话：13240487419

邮 箱：1683101345@qq.com

附件二：  

       “2023结构生物学专题培训班”报名表